متن کامل خبر


 
جلسه دفاع از پایان‌نامه: سینا شامخی، گروه مهندسی پزشکی

خلاصه خبر:

  • عنوان: آشکارسازی و تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی
  • ارائه‌کننده: سینا شامخی
  • استاد راهنما: دکتر محمد حسین میران بیگی
  • استاد ناظر خارجی: دکتر رضا آقایی زاده ظروفی (دانشگاه تهران) و دکتر حمید بهنام (دانشگاه علم و صنعت)
  • استاد ناظر داخلی: دکتر علی محلوجی‌فر و دکتر بابک محمد‌زاده اصل
  • استاد مشاور: دکتر علی گویا
  • مکان: دانشکده مهندسی برق و کامپیوتر، اتاق شورا
  • تاریخ: 1395/3/31
  • ساعت: 15:30

چکیده
الکتروفورز ژل دو بعدی ‎(2DGE)‎ روشی ‏پایه‌ای جهت جداسازی پروتئین‌های یک نمونه‏‌ی زیستی است. ناحیه‌بندی و تطبیق لکه‌های پروتئینی موجود در تصاویر 2DGE به‌دلیل ‏چالش‌هایی‎ همچون لکه‌های دارای هم‌پوشانی و لکه‌های کم‌رنگ و حضور نویز و آرتیفکت‌‏، پیچیده و دشوار است. بنابراین نظارت کاربران خبره در الگوریتم‌های فعلی‏، جهت تصحیح نتایج ضروری است. این نظارت‏، علاوه‌بر افزایش زمان پردازش ‏و محدود نمودن کاربردهای کلینیکی‏، موجب ایجاد خطای انسانی و کاهش تعمیم‌پذیری و تکرارپذیری می‌گردد.‏ ‏ازاین‌رو در این تحقیق‏، با ارایه‌ الگوریتمی خودکار برای ناحیه‌بندی و تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر 2DGE، مراحل پردازشی بدون نظارت کاربر انجام می‌گردد. جهت جداسازی بهتر لکه‏‌های پروتئینی، فیلتری ‏خودکار با نام برجسته‌ساز لکه‏ ‎(SEF)‎‏، برپایه‌ی ویژگی‌های مکان-مقیاس ارایه شده است. ‏با بکارگیری نتایج این فیلتر‏، و جهت رفع مشکل ناحیه‌بندی بیش از حد در تبدیل حوضه‌ی آبریز، الگوریتم جدیدی مبتنی بر یک الگوریتم انتشار ناهمسانگرد (SEADW‎‏‌) جهت ناحیه‌بندی تصاویر 2DGE‎ پیشنهاد شده است. همچنین ‏جهت تطبیق لکه‌ها‏، روشی جدید مبتنی بر مدل‌های احتمالاتی ارایه شده است و به‌دلیل پیچیدگی این مدل احتمالاتی از روش بیز وردشی جهت تخمین توابع توزیع پسین‏ استفاده شده است. جهت ارزیابی و اعتبارسنجی روش‌ها، پایگاه داده‌ای متشکل از‏ تصاویر مصنوعی و واقعی تهیه شده است. تصاویر مصنوعی پایگاه داده با شبیه‌سازی اجزا یک تصویر واقعی ‏و تصاویر واقعی، حاصل اقدامات عملی انجام شده در آزمایشگاه پروتئین-شیمی انستیتو پاستور ایران است. عملکرد الگوریتم پیشنهادی به‌کمک معیارهایی آماری بر روی تصاویر پایگاه داده مورد ارزیابی قرار گرفته است. ‏نتایج حاصل نشان‌دهنده دقت و کارآیی بالاتر و خطای تطبیق پایین‌تر الگوریتم پیشنهادی است. با‌توجه به قابلیت اجرای خودکار الگوریتم پیشنهادی، این تحقیق را می‌توان گامی در جهت توسعه‌ی کاربرد‌های کلینیکی روش ‎2DGE‎‏ دانست.
کلمات کلیدی

18 خرداد 1395 / تعداد نمایش : 844