متن کامل خبر


 
جلسه دفاع از پایان‏ نامه: باباعلی صفری، گروه مهندسی کامپیوتر

خلاصه خبر: تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی با استفاده از روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی و وزن‌دار کردن شبکه پروتئینی

  • عنوان: تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی با استفاده از روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی و وزن‌دار کردن شبکه پروتئینی
  • ارائه‌کننده: باباعلی صفری
  • استاد راهنما: دکتر بهزاد اکبری نودوزقی
  • استاد ناظر داخلی اول: دکتر محمد صنیعی آباده
  • استاد ناظر خارجی اول: دکتر کاوه کاووسی (دانشگاه: تهران )
  • استاد مشاور اول: دکتر فواد قادری
  • مکان: دانشکده برق وکامپیوتر، اتاق01/6
  • تاریخ: 96/06/13
  • ساعت: 12:30-10:30

چکیده: پروتئین‌ها از حیاتی‌ترین ماکرو مولکول‌های طبیعت هستند و در طول فرایندهای زیستی به‌صورت فیزیکی با یکدیگر در تعامل هستند. تکنیک‌هایی با توان عملیاتی بالا مانند Y2H ، طیف‌سنجی جرمی، فن‌آوری‌های تراشه پروتئین برای ایجاد پایگاه داده‌هایی از برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین (PPI) ، ایجاد و توسعه داده‌شده‌اند. عملکرد پروتئین‌ها بعدازاینکه در قالب کمپلکس‌های پروتئینی با یکدیگر در تعامل شدند مشخص می‌شود. کمپلکس‌های پروتئینی از چندین پروتئین که با یکدیگر در تعامل هستند و نقش مهمی در فرایندهای زیستی دارند تشکیل‌شده است. یکی از چالش‌برانگیزترین مسائل موجود در محاسبات زیستی تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی در شبکه‌های برهمکنش پروتئینی است. با توجه به نقش کمپلکس‌هاي پروتئيني در انجام بسياري از کارکردهاي سلولي موجودات زنده، کشف آن‌ها مي‌تواند به درک بهتر فرآيندهاي سلولي و توسعه کاربردهاي مبتني ‌بر مهندسي زيستي منجر شود. در بیشتر رویکردهای محاسباتی موجود، نواحی متراکم در شبکه‌های ‌برهم‌کنش پروتئینی به‌عنوان کمپلکس‌های پروتئینی در نظر گرفته‌شده‌اند. این در حالی است که بخش مهمی از کمپلکس‌های واقعی متراکم نیستند. از طرفی با توجه به مطالعات انجام‌شده ،هر کمپلکس از دو بخش هسته و افزونه تشکیل‌شده است. در این پایان‌نامه مدلي سلسله مراتبی و دولایه برای تشخیص هر دو نوع کمپلکس‌های پروتئینی، متراکم و پراکنده پیشنهادشده است. در روش پیشنهادی، برخلاف سایر روش‌های سلسله مراتبی که در همان ابتدا هر پروتئین را یک ماژول در نظر می‌گرفتند، هسته‌ها را که به‌عنوان قلب کمپلکس‌های پروتئینی است در لایه اول تشخیص داده و یک ماژول در نظر می‌گیرم. در لایه دوم از بین پروتئین‌های کل شبکه، پروتئین‌های افزونه‌ را بر اساس معیار تفاوت تعداد یال‌های درون ماژولی و بین ماژولی، به هسته اضافه می‌کنیم. برتری و مزیت روش پیشنهادی، توانایی تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی متراکم و پراکنده با در نظر گرفتن همپوشانی آن‌ها و مبتنی بر هر دو روش هسته-افزونه و سلسله مراتبی است. همچنین به علت وجود نویز زیاد در شبکه‌های ‌برهم‌کنش پروتئینی که باعث کاهش دقت در روش‌ پیشنهادی می‌شود به کمک داده‌های هستان‌شناسی ژنی، شبکه‌ نویزی پاک‌سازی و وزن‌دار شده است. ارزیابی کارایی روش پیشنهادی و مقایسه با روش‌های قبلی نشان‌دهنده‌ی عملکرد بهتر در تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی متراکم و پراکنده است.
کلمات کلیدی: کمپلکس‌های پروتئینی، وزن‌دار کردن شبکه برهمکنش پروتئینی، کمپلکس‌های پراکنده

11 شهریور 1396 / تعداد نمایش : 50